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  • nohy01

R&D 세액공제, 법인세 절세 효과는 크나 세무조사 단골 항목? 문제가 되지 않기 위해 무엇을 체크 해야 하나?




“좋다고 해서 했는데...과연?”


가끔은 어려운 일들이 있다. 갑자기 이게 무슨 말일까? 좋다고 해서 한 일들이 애매한 결과를 가져올 때가 있기 때문이다. 분명 몸에 좋다고 해서 먹었는데, 딱히 결과가 없다면 애매하다. 분명 사업에 도움된다고 해서 했는데, 오히려 돈이 새어나가고 있다면 영 애매하다. 우리 주변에는 생각보다 이런 일들이 많고, 미연에 상황을 방지하기 위해 노력해야 한다.


연구인력개발비, 일명 R&D(이하 알앤디) 세액공제도 마찬가지인 것 같다. 알앤디 세액공제는 법인세 절세효과가 크다는 장점이 있지만, 세무조사 등에서 적출되는 단골 항목에 해당하는 만큼 좀 더 면밀한 검토가 필요하다. 분명 절세가 된다고 해서 했는데, 애매한 상황이 발생할 수도 있는 것이다.


오늘은 알앤디 세액공제 사전심사제도에 대한 소개와 함께, 이미 세액공제를 받고 있거나 연구소 도입을 계획 중이신 대표님들께서 향후 문제가 되지 않기 위해 체크해봐야 할 부분들은 무엇이 있을지 살펴보고자 한다.


- 사전심사제도의 모든 것


2023년 1월 30일 국세청은 알앤디 세액공제 사전심사에 대한 보도자료를 다시 한 번 발표했다. 이 사전심사제도는 2020년도에 최초로 실시하여 현재까지 신청건수가 매년 증가하는 추세다.


알앤디 세액공제 사전심사제도란?


알앤디 세액공제 사전짐사제도는 세액공제 적정여부를 국세청이 사전에 확인해주는 제도다.


사전심사를 받으면 어떤 혜택이 있나?


① 사전심사 결과에 따라 신고를 하면 신고내용 확인과 감면사후관리 대상에서 제외된다.


② 세무조사 등으로 인해 심사결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고가산세가 면제된다.


사전심사 신청기한이 있나?


사전심사는 언제든지 신청이 가능하고, 법인세 신고기한 전까지 통지받은 심사결과는 신고에 즉시 반영할 수 있다. 처리기간은 약 2주 정도 소요된다. 법인세 신고 이후에는 세액공제 누락분에 대하여 경정청구, 수정신고, 기한후신고 이전까지 사전심사를 신청할 수 있다.


사전심사를 신청할 수 있는 대상?


연구, 인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며, 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능하다.





사전심사 신청시 제출해야 하는 서류?


연구개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 연구, 인력개발비임을 증명하는 서류 등을 제출해야 한다.


국세청은 사전심사에서 어떤 내용을 심사하나?


기술과 비용 측면에서 세액공제 적정여부를 검토한다.


기술측면: 신청인이 수행한 연구개발 활동이 조특법상 연구개발에 해당하는지 여부


비용측면: 신청인이 연구, 인력개발에 지출한 금액이 조특법상 공제대상 금액인지 여부


2023년도에 개선된 내용은?


① 신청자 편의성 강화


기존에 우편 및 방문접수만 가능했던 보완서류 제출이 홈택스에서도 가능하게 개선되었다. 사전심사 담당자와 진행상황을 파악할 수 없다는 불만사항을 반영하여 홈택스에 진행상황을 조회할 수 있도록 개선했다.


② 간이계산기 제공


홈택스 신청화면에서 제공하는 간이계산기를 통해 세액공제 가능 금액을 간편하게 계산해볼 수 있다.


③ 제출서류 간소화


입증자료 준비에 어려움이 없도록 자체 수집이 가능한 연구소 인정서 등을 제출서류에서 제외했다.





사전심사 사례를 통해 보는 알앤디 세액공제 체크포인트는?


① 개발 경력을 보유한 비전공 전담요원의 인건비 : “인정”


전담 연구원의 전공은 소프트웨어 개발과 무관하지만 소프트웨어 관련 분야 경력이 있는 연구원으로 연구전담부서에서 연구에 직접 참여한 전담연구원으로 확인되므로 세액공제 인정


② 연구원을 지원받은 연구기관에 지급하는 기업부담금 : “인정”


인력지원사업에 따라 공공연구기관의 소속 연구원을 지원받았고, 파견 연구원이 조특법에서 규정하는 전담부서 등에서 연구개발과제를 전업적으로 수행하였음이 확인되므로 세액공제 대상으로 인정


즉, 연구기관에서 지원받은 연구원의 인건비 중 일부를 기업부담금으로 연구기관에 지급하는 경우 세액공제 가능하다.





③ 시제품 제조에 사용되는 연구용 금형 제작비용 : “인정”


금형 이상여부와 생산시점에 따라 시제품 샘플링하여 완성도를 검증하는 연구개발활동이 확인되므로 연구용 금형 제작비용은 시범제작에 소요되는 외주가공비로 세액공제 가능


④ 양산품 제조 비용이 포함된 재료비 : “일부인정”


원자재 구매비용 중 연구전담 부서 등에서 연구용으로 직접 사용하지 않고, 양산품 생산에 직접 사용된 분에 대해서는 세액공제 대상 재료비로 불인정


“사전심사제도 활용, 그리고..”


이 외에도 세액공제 대상여부에 대한 판단이 애매한 내용들이 있다면 사전심사 제도를 활용해 보시는 것도 좋은 방법이 될 수 있다.


또한 이런 정보에 대해 미리 인지하고 조언할 수 있는 전문가를 통해 좀 더 나은 공제를 적용해보시기 바란다.


* 세무상담 1:1 문의하기 http://pf.kakao.com/_tMYyl​

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나이스세무법인 대표 이상화세무사




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